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基因组测序在患有罕见未确诊或遗传性疾病 [复制链接]

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年,全球基因组计划宣称全世界范围内约有3.5亿人患有罕见病。这些疾病对于个人来说是罕见的,但是在人群中的比例占到了4%-8%。有研究对个来自于孤儿院患罕见病的婴幼儿的治疗显示其中约80%的患者患有遗传相关性疾病。在患有遗传性疾病的患者中,儿童占了将近一半,其中30%的儿童不能活过15岁。儿科住院治疗的病人中,很大一部分是由于出生缺陷及罕见遗传性疾病,这给患者、家庭及医疗卫生系统都带来了很大的挑战。一项对美国儿童住院的回顾研究中表明,患有慢性复杂疾病的儿童相对于患其他疾病的儿童来说治疗费用会高出11倍。西澳洲的一项研究表明,患有罕见病的患者在人群中占2%左右,医院总收费中占到了10.6%。有研究最近使用年的数据对美国儿科住院费用进行了分析,发现患有罕见疾病的新生儿的平均总费用高达美元,年龄较大的儿童高达美元,并且这些孩子的住院时间更长,死亡率也更高。由于对特定的遗传性疾病如果仅基于临床表型很难予以确诊,因此对于婴幼儿来说应用相关的遗传学检测手段无论是对于诊断还是治疗都是非常重要的。在过去的25年里,对于判断患者是否需要进行遗传学诊断已经取得了很大的进步,与此同时,对越来越多的疾病进行简单和经济有效的检测的能力也在不断增加。美国医学遗传学和基因组学学会(ACMG)公布了使用基因组测序方法的病例的指征,以及讨论通过基因和基因组检测进行病因诊断的临床应用的*策声明。在多种临床诊断评估中应该考虑应用遗传或者基因组测序方法,比如当一个病人极有可能患有遗传病,但是单个的基因诊断或者特异的靶向检测并不能予以确诊的时候就可以考虑使用基因组测序。在这个想法的基础上,列表1提出了一些额外的遗传疾病的一般特征,非专业人士可以使用这些特征来帮助识别何时进行基因组检测可能是合适的(列表1)。列表1基因组测序指征在NGS被推广之前,有几种技术被用于遗传性疾病基础的鉴定。其中最古老的就是G显带核型分析技术,这种技术能检测到染色体结构及数目的异常,也可以进行嵌合体的诊断。然而当异常片段低于5-10Mb时,一般检测不出来,因此其诊断率很低。20世纪90年代初,荧光原位杂交技术(FISH)得到了发展。FISH对染色体异常检测的分辨率要高于G显带技术,有助于疾病中染色体亚显微结构异常的检测。但是FISH检测仅限于那些可以被FISH探针杂交上的染色体区域,并且如果异常片段小于50-kb就很难被检测到。染色体微阵列(CMA)在很大程度上取代了核型和FISH,CMA可以同时检测所有染色体的拷贝数不平衡变异,有时候还可以检测到单亲二倍体。CMA的应用显示细胞遗传水平的亚显微结构异常是出生缺陷和新生儿神经性疾病的重要原因。当对患有遗传性疾病的儿童进行评估时,CMA一般推荐为一线的检测手段,并且根据不同的临床指征CMA对多重先天性异常和发育迟缓的诊断率介于15%-20%之间。不同的CMA平台会影响异常检测的范围。相对于传统的比较基因组杂交(aCGH),基于单核苷酸多态性的微阵列(SNParrary)技术对于特定基因的检测率会下降,但是对于拷贝数变异(CNV)的检测以及具有临床意义的拷贝数中性异常(比如单亲二倍体及近亲)的检测有优势。CMA不能检测染色体平衡重排,比如平衡异位以及倒位。年发展的Sanger测序技术可以检测到单核苷酸变异(SNVs)及小的插入和缺失。ACMG确认,对遗传性疾病的最终诊断对个人具有临床应用价值。考虑到诊断的潜在用途,这些标准技术的局限性引起了极大的
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