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日本地名研究，可分为明治维新以前和明治维新以后两个时期。明治维新以前，最早可追溯到距今年前承平时期源顺的《倭名类聚钞》（年），全书20卷，其中的第五至第九卷，列举了国、郡，乡的名称。以后经历了很长时间，直到年，内山真竜又发表了《地名考》（II卷）。嘉永年间，又出版了阿部完堂的《日本州名解》（年）。明治维新以前的地名研究，主要是对国郡名和大地名的历史考证。
明治维新以后，地名问题的论述就成为历史学、地理学、语言等学科中共同研究的一环。富本时次郎的《帝国地名大辞典》（年），吉田东伍的《大日本地名辞书》(年)，太田为三郎的《帝国地名辞典》（年），是当时地名学方面的重要著作，从而迎来了20世纪初期日本的地名大辞典的兴起时代。其中这类辞书中比较完善的是吉田东伍的《大日本地名辞书》。
年作者与镜味明克合影
日本的地名科学研究工作也可以说是和阿伊努语的研究工作同时开始的。人们从语言学角度来探索地名的本质，这一方法对日本来说是很适用的。如白野夏云曾将《古代地名考》刊入明治13年（年）的地学协会报告中，他提出的一些新的观点曾引起当时学术界的震动。
到了明治维新末期，柳田国南把地名研究和民俗学的研究联系起来，并开始了对地名的基本考查工作，从而注意到小地名的收集研究。年出版了柳田国男的《地名的研究》一书。之后，日本的地名学的地理特色变得更加浓厚。中野弘在《地理学评论》上发表了《我国山名的分布》（年），接着作者又在该刊发表了《海岸的地名》（-年）、《河流的地名》（年）．近藤忠教授在《人文地理》杂志上发表了《九州的地名》(年)。这些是当年地名的地理分布论的代表作。
年，中野文彦创办了日本专门研究地名的团体——大和地名研究所（后称日本地名学研究所）。战后年，以日本地名学研究所的名义编出了《大和地名大辞典》（年出了索引本）。-年该研究所还编辑出版了《地名学研究》杂志（年复刊一年）。这对日本地名学的研究影响较大。
地图地名学，在第二次世界大战时期系统化起来。镜味完二（镜味明克之父）的《日本地名学》(地图篇)一书，比较集中地反映了这种研究的成果和方法。他根据五万分一地形图所载的地名，分析了地名的语根型等的分布，绘制了幅地名分布图。其方法主要是参考了欧洲的语言地理学和聚落史研究方法，并吸收了德国的地名学成果，把零碎的对个别地名语源的解释法变成了对地名分布类型和地名年代层序的研究法。山口惠一郎刊布了《地图地名学与地名问题》一文，他首次提出了地图地名学的概念。
上世纪八十年代，从地理学方面研究地名的工作一直在开展着。如山口惠一郎的《地图与地名》（年），椙村大彬的《地理名称的表现序说》(年)等，均扩大了地名研究的视野和领域。对地名语源地名演变的历史，地名的现代功能问题等方面的考查和论述日益增多。
如池田末则的《日本地名传承论》（年），吉田茂树的《地名的由来》（年），古川健一的《地名的话》（年）和《现代“地名”考》（年），镜昧明克的《地名关系文献解题事典》(年)，吉田茂树的《日本地名语源事典》(年)，楠原佑介的《古代地名语源辞典》(年)，山口襄太的《地名语源辞典》（年），谷川健一的《日本的地名——历史·风土的遗产》(年)，一志茂树的《日本地名历史大系》(年)，山田秀三的《阿伊努语地名的研究》(年)，千叶德尔的《新·地名的研究》(年)，谷川健一的《地名与日本人》（年）等。
在地名学理论方面，有山口惠一郎的《地名的理论》(年)，镜味明克的《地名学入门)(年)等。八十年代是日本地名学最繁荣的时期。
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